GRRM FORUM
2022/04/22/16:18:12 Question by Yu
I calculated Surface Reaction Path Search (Tutorial) and I executed the following command:
$ GRRM_GDSP -Cfile=Pt111_MeOH_SCAFIR
but got the following error:
----------------------------------------
GRRMrootDir:/home/GRRM20/
TS_enp.txt copied from GRRM-GDSP root
GDSP operations: grrMap=1 TsDisp=1 enp=1
wrong GRRM data
----------------------------------------
Can we use GRRM-GDSP for the surface reacrion?
(I can use GRRM-GDSP for the molecule reaction.)
If we can use, do we need any other settings?
2018/01/15/17:31:21 Question by tushku
# GRRM/B3LYP/6-31g*
0 1
C 2.3472779004 1.2635111976 -0.6476200929
H 2.2859708855 1.7199036076 0.3544757271
C 1.072778968 0.4368962306 -0.9000222116
H 0.2838358966 1.1444116975 -1.1842091328
H 1.2455582712 -0.214518851 -1.7608286035
C 3.6049449253 0.3951122661 -0.6522849018
O 3.6858873267 -0.7697522096 -0.9699899107
O 4.6870933102 1.1195247725 -0.2624104283
H 5.4627677363 0.5359358676 -0.3211680155
N 2.5249547394 2.2598396715 -1.7184846009
Unknown atom is included error is occuring. can someone help?
2018/09/27/11:25:40 Answer by aGRRMuser to the question at [2018/01/15/17:31:21]
This may ba a trivial error that the odd numeber of electrons (45) is not suitable for the spin
multiplicity of 1 (singlet). Odd numbers of electrons should be a doublet (2) as 0-2 at the third
line in the input data for GRRM.
2017/11/24/20:21:34 Question by auu
分子研でGRRM の利用しているのですが、
-------------------------------------------------------------
error...
No parallel algorithm for the saddle point optimization!
...exit from system...
-------------------------------------------------------------
と表示され計算が全く進みませんでした (上に.log ファイルの一部を添付いたしました)。
これはSADDLE 計算だけでなく MIN 計算でも同様に止まってしまいました。
どのように変更すると Saddle 計算を行えるようになるかご教示いただけると幸いです。
分子研で質問してみたのですが理由はわからないようでして、
開発元に助言をいただくようにとアドバイスをいただき、
質問させていただきました。
大変ご多用かと存じますが、
何卒宜しくお願い致します。
以下inputファイルとcshファイルです。
---------------------------------------------------------------
# SADDLE/B3LYP/GENECP int(grid=ultrafine)
0 1
C 4.22814200 -1.90501800 1.05376500
C 3.70352600 -0.65552500 1.23469600
中略
H 0.57350100 2.10623600 1.49306200
Options
GauMEM=16000
GauProc=8
general basis
H,C,S 0
6-31+G(d)
****
I 0
SDD
****
I 0
MWB46
---------------------------------------------------------------
#!/bin/csh -f
#PBS -l select=ncpus=40:mpiprocs=1:ompthreads=40:jobtype=large
#PBS -l walltime=24:00:00
if ($?PBS_O_WORKDIR) then
cd ${PBS_O_WORKDIR}
endif
set GRRMinp=171123-GRRM-SADDLE2
setenv WORK /work/users/${LOGNAME}/grrm.$$
if ( ! -d ${WORK} ) mkdir ${WORK}
setenv GAUSS_SCRDIR ${WORK}
setenv LANG C
source /local/apl/lx/g09d01/g09/bsd/g09.login
setenv subgau g09grrm
setenv subchk formchk
setenv subgrr GRRM.out
set path=(/local/apl/lx/GRRM14 $path)
GRRMp ${GRRMinp} -p8 -h24
2018/09/27/11:43:50 Answer by GRRM開発メンバー to the question at [2017/11/24/20:21:34]
GRRMpを起動するときに「-pn」で並列処理の指定ができるのは、Manual３ページの -p[n] の説明に記載されているように、
JOBタイプが、GRRM,ReStruct,ReEnergy、MC-AFIR、RePathの場合だけです。
MINやSADDLEは、並列探索処理をしませんので、GRRMの並列処理の対象ではありません。
コマンドラインの -pn を削除すれば、正しく処理されます。
GRRMプログラムのマニュアルを、できるだけ丁寧にお読みになり,GRRMが行う処理の意味を考慮してご利用ください。
2017/05/11/14:01:35 Question by BilalAhmad
After doing evrything for installing GRRM14 with g09 on centos 7 machine , i am getting the
following error
" Error while loading shared libraries: libST_x86_64.so: cannot open shared object file:No such file
or directory"
Kindly anybody help for sorting out this problem
Thanks in advance.
2017/05/31/22:52:48 Answer by Security to the question at [2017/05/11/14:01:35]
This is due to the security controlling system for GRRM14 not yet installed in your computer.
2017/03/25/18:06:26 Question by Gap
in the EQ_list of GRRM calculation, 35 EQs are found, the output is as follows:
Systematic exploration by the SHS method was completed.
35 EQuilibrium structures were discovered.
79 Transition Structures were discovered.
0 Dissociation Channels were discovered.
while in the geometry refinement caluclation, only 11 are to be refined. what's more, 14 EQ
structures were discovered. the output file is as follows:
# Number of EQs to be refined : 11
# Number of TSs to be refined : 79
# Number of DCs to be refined : 0
# Optimization starting from old EQ - 3 : New EQ 0 was found
# Optimization starting from old EQ - 4 : New EQ 1 was found
# Optimization starting from old EQ - 5 : New EQ 2 was found
# Optimization starting from old EQ - 6 : New EQ 3 was found
# Optimization starting from old EQ - 25 : New EQ 4 was found
# Optimization starting from old EQ - 27 : New EQ 5 was found
# Optimization starting from old EQ - 28 : New EQ 6 was found
# Optimization starting from old EQ - 29 : New EQ 7 was found
# Optimization starting from old EQ - 30 : New EQ 8 was found
# Optimization starting from old EQ - 31 : New EQ 9 was found
# Optimization starting from old EQ - 33 : EQ 4 was found
# Optimization starting from old TS - 0 : New TS 0 was found
Connection = DC - DC
......
*************************************************************************
Structure Refinement Calculations were completed.
14 EQuilibrium structures were discovered.
61 Transition Structures were discovered.
0 Dissociation Channels were discovered.
what is the reason in this discrepancy of EQ numbers in geometry refinement calculation?
2017/06/03/18:02:28 Answer by GRRMdeveloper to the question at [2017/03/25/18:06:26]
At the beginning of the “restruct” calculation by GRRM, EQs that do not meet the criteria of EQ are
searched and discarded. For example, EQs that are regarded to be dissociated are those which are
discarded in this step. One can change the criteria of EQ, e.g., by putting the option of DC
criteria DownDC=15.
2017/02/12/08:48:07 Question by GRRMuser
Will a new version of GRRM come out?
2017/02/12/09:12:32 Answer by AGRRMDeveloper to the question at [2017/02/12/08:48:07]
Yes, a new version of GRRM is under development.
2017/02/12/08:47:02 Question by GRRMuser
Is a new version of GRRM expected to come out?
2016/09/14/17:18:44 Question by monyon
GRRM14で、マニュアルp.40の10.1章にしたがってAFIR計算を行った後、
p.44の11.2章にしたがってLUP計算をトライしてみたのですが、
logファイルに以下のエラーが出てしまいました↓
“error…
Unknown atom is included.
…Exit from system…”
こちらのLUP計算を上手く実行するためには
どのような処理を行えばよいでしょうか？
ご教示頂ければ幸いです。
お手数おかけして恐縮ですが、
何卒よろしくお願いいたします。
【AFIRファイル】
# MIN/B3LYP/6-31G**
0 1
C 0.000000000 0.000000000 0.000000000
O -1.030500663 -0.448615862 -0.550826860
H 0.153778498 -0.033165999 1.089700925
H 0.824802672 0.459176402 -0.566627610
C -3.777514925 0.931625246 -1.278708308
C -3.414627406 1.954051737 -0.516475174
H -4.569881350 1.007085275 -2.035400811
O -2.364770962 1.853864013 0.485916400
H -3.882136679 2.945092812 -0.590610313
H -3.283140042 -0.033439747 -1.167609099
H -2.241438653 2.773732915 0.731335113
Options
Add Interaction
Fragm. 1 = 1-4
Fragm. 2 = 5-11
1 2
GAMMA = 100 set 75
END
【LUPファイル】
%infile=afir
# LUP/B3LYP/6-31G**
0 1
C 0.000000000 0.000000000 0.000000000
O -1.030500663 -0.448615862 -0.550826860
H 0.153778498 -0.033165999 1.089700925
H 0.824802672 0.459176402 -0.566627610
C -3.777514925 0.931625246 -1.278708308
C -3.414627406 1.954051737 -0.516475174
H -4.569881350 1.007085275 -2.035400811
O -2.364770962 1.853864013 0.485916400
H -3.882136679 2.945092812 -0.590610313
H -3.283140042 -0.033439747 -1.167609099
H -2.241438653 2.773732915 0.731335113
Options
GauProc = 12
2016/09/15/12:05:13 Answer by GRRM開発者 to the question at [2016/09/14/17:18:44]
こちらに貼り付けられたインプットを用いれば、うまく流せるはずです。別途お送りいただいたインプットとアウトプ
ットを拝見する限り、同じインプットでキーワードを変更して何度も流すなど、不適切な手順を踏んだ形跡が見られま
す。手順をよく確認して再度トライしてみてください。GRRM14でキーワードを変更して計算を流し直す場合には、アウ
トプットファイルを一度全て消去してから流し直す必要がありますので、この点にご注意ください。
2016/09/14/17:14:02 Question by IQCE-GRRM担当
ここは、GRRMユーザのための意見交換ページです。
自由に質問を書いてかまいません。
質問者のお名前は、ニックネームでもかまいません。
回答が得られるかどうかは、ご質問のしかたにも依存します。
なるべく、ご質問内容が回答者にわかるよう、お書きください。
2014/08/05/13:48:47 Question by YiLuo
Some LADD calcualtions suffered from a problem that atoms get to be too close and GRRM aborted.
After we shorten the step size and restart the calcualtion, the calculation often suffered from the
same problem again. Thank you in advance for your reply.
2014/09/18/22:30:27 Answer by GRRM開発者の一人 to the question at [2014/08/05/13:48:47]
One solution is changing one of parameters in GRRM concerning step sizes. There are several such par
ameters, i.e., upsize, downsize, maxstepsize, and one should change an appropriate one. The other so
lution when you are using G09, is that to give a proper IOp option. In default, G09 stops with an er
ror when two atoms are very close, but with the IOp option (probably IOp(2/12)) it computes energy,
gradient, and Hessian even if two atoms are very close.
2014/07/16/16:32:46 Question by GRRMの販売希望者
GRRMプログラムは、現在は販売されていないようですが、販売される可能性はありますでしょうか。
もし、販売されるようになるとすると、いつごろで、どの程度の値段になりますでしょうか。
2014/07/16/16:33:45 Answer by GRRM開発者の一人 to the question at [2014/07/16/16:32:46]
GRRMプログラムには他のプログラムにない強力な機能が沢山搭載されていますので、市場に出てかなり高い価格で出回る力が
あると思います。けれども、GRRMプログラムは、現在も開発が継続されていて、関係する研究機関や開発者の数も増えていま
す。海外の計算ソフト会社のように、市販の計算ソフトとして販売できるようになるには、組織の設立に向けて準備が必要で
す。海外の大企業や国内の大企業からもサポートの申し出がありますが、市販品が出回るようになったとき、その販売者として
いろいろな企業が関係すると面倒ですので、現在はそのようなサポートは受けておりません。また、もしも販売すると、その購
入者の中から、GRRMプログラムを埋め込んだ新たな製品をGRRMとは無関係に売り出すこともあり得ます。GRRMで探索される結
果は、偶然に他の手法で見つけることがまったく不可能とはいえないため、実質的にGRRMでないと見つけられないようなもの
であっても、GRRMを使ったことを隠して、なんらかの別の方法で探索していると標榜することがありえます。こうしたことも
含めて、GRRMプログラムの販売はまだ時期尚早と考えています。
2014/07/16/01:53:44 Question by 質問者２
GRRMプログラムとして現在リリースされているものについて教えてください。
2014/07/16/01:59:18 Answer by 回答者003 to the question at [2014/07/16/01:53:44]
まだリリースされていないGRRMプログラムに、GRRM１４があります。
GRRM14は、新しい機能として AFIR が追加されるなど、 GRRMプログラムの機能が拡張されています。
GRRM14のリリースは、2014年10月の予定です。
2014/07/16/01:54:42 Answer by 回答者002 to the question at [2014/07/16/01:53:44]
GRRMプログラムとして現在配布されているものは、次の２種類です。
（１） GRRM1.22
（２） GRRM11
GRRM1.22は、１点回りの反応経路探索を、逐次的に行います。GRRM11では、１点回りの探
索を、複数同時に行わせることができるようになっています。このほか、GRRM11では、励
起状態でのポテンシャル交差を調べたり、部分構造を凍結したり、結合に条件を課すな
ど、目的に応じて限定的な探索をすることで探索効率を飛躍的に上げるオプションが搭載
されています。
2014/07/16/01:49:51 Question by GRRMユーザABC
ユーザーマニュアル(User Manual)に書いてある通りに次のコマンドを投入しましたが、
GRRMp grrm1 -p 1 -h 1
うまく動作しません。何が悪いのでしょうか？
2014/07/16/01:51:31 Answer by 回答者001 to the question at [2014/07/16/01:49:51]
コマンド引数を何もつけずに、 GRRMp だけをコマンドとして投入したとき、
USAGE： GRRMp [input file name] (-p[Nproc]) (-h[Hour])
と表示されれば、プログラム本体は、正常にインストールされていて、正しく動作す
る状態になっています。
「USAGE： ・・・」が出てこずに、 「Floating exception」や「invalid ・・・」
「wrong・・・・」「bad・・・」などが出る場合は、インストールされたGRRMプログラ
ムがそのシステムに適合していないことが原因ですので、ご利用中の計算機に適合する
GRRMプログラムをインストールする必要があります。
コマンドがみつからないというerrorがでるときは、(1) コマンドの打ち間違い、(2)プ
ログラムがインストールされていない、(3)プログラムへのpathが通っていない、などの
理由が考えられます。
コマンドを投入したディレクトリから、GRRMpやGRRM.outを置いてあるディレクトリに
pathが通っていないと、 GRRMp と打ち込んでも、正しく動作しません。マニュアル
にあるように、環境設定でpathの登録をすることを推奨いたします。その他の方法で
pathを設定してもかまいません。
あるいは、GRRMpやGRRM.outを置いてあるディレクトリを絶対パスもしくは相対パスで指
定すれば、GRRMプログラムを起動することができます。つぎの例１）は、コマンドの投
入ディレクトリ（作業ディレクトリ）の中にGRRMpとGRRM.outを置いてある場合、例２）
は、ひとつ上のディレクトリに置いてある場合です。例３）は絶対パスを用いた場合で
す。
例１） ./GRRMp grrm1 -p1 -h1
例２） ../GRRMp grrm1 -p1 -h1
例３） /user/local/GRRM11/GRRMp -p1 -h1
注意点１： GRRMpがコマンド名で、ユーザーマニュアルには、このように書いてありま
す。ただし、各ユーザーに送付される通知書には、このコマンド名の部分を変更して使
うよう指示されている場合があります。その指示に従わないと次のようなメッセージが
出て、異常終了します。
GRRM11 is produced by Satoshi Maeda, Yuto Osada, Keiji Morokuma, and
Koichi Ohno (C) 01-10-2011.
Use of this package (GRRM11.01) is only allowed to
****************,
who should cite the following reference when results will be published.
GRRM11.01(2011), S. Maeda, Y. Osada, K. Morokuma, and K. Ohno.
Any other person is not allowed to use this package without permission
Date of Permission: ************.
このようなメッセージがでたら、通知書を読み直し、その指示に従ってください。
なお、マニュアル通りの GRRMp のままで、GRRMを実行させたいときは、通知書の指
示にしたがったコマンドを内部に書き込んだ実行用プログラムまたはシェルプログラム
を作成してご利用ください。
注意点２： 上のコマンド例で、GRRMの入力ファイルであるはずの grrm1.com が存在
しないか、その中身がGRRMの正しい入力データでないときは、正しく動作しません。入
力データのファイルの所在や名称、中身を確認してください。
注意点３： マニュアルには、コマンド引数として、-p[n] や -h[m] を必要に応
じて、入力データファイル名の右に加えるように説明されています。ここで、 -pと数
字の間や -h と数字の間にスペースを入れてはいけません。コマンド引数の区切りがス
ペース（またはタブ）になっていますので、間にスペースを入れると、別々のコマンド
引数として読み込まれてしまい、正しく動作しません。
注意点４： GRRMpが正しく起動されないとき、引数をつけずに、GRRMpだけで起動を試
みてるとよいでしょう。
コマンド引数を何もつけずに、GRRMpを起動したとき、pathが通じていてプログラムが
正常に起動されれば、
次のようなusageがプリントされます。
USAGE: GRRMp [input file name] (-p[Nproc]) (-h[Hour])
このような表示が出てくれば、GRRMpそのものは正しく起動されています。したがって、
うまくGRRMpが動作しない理由は、コマンド引数か、起動用の入力ファイルの方にあるこ
とがわかります。
上のようなUSAGEが出てこない場合は、GRRMpのバイナリが正しくインスト－ルされてい
ないか、GRRMpのバイナリが、計算環境に適合していない可能性があります。通常、
GRRM11は64ビット版としてリリースされますので32ビットの環境では正しく動きませ
ん。また、64ビットの環境でも、その環境に適合したコンパイルがなされていないと、
バイナリが正しく動作しません。お使いの計算環境で、簡単なｃ－プログラム（たとえ
ば名前や日付だけをプリントするようなもの）をコンパイルしてつくったバイナリを、
開発者に送り、あらためてバイナリを作ってもらうとよいでしょう。そうすると、開発
者は、ユーザーの環境に適合した計算機を探し、そのような計算機が開発者側にあれ
ば、GRRMプログラムをそのユーザー用にコンパイルし直すことができます。